你了解修饰限制系统吗？若不了解，先看看。
质粒是有宿主特异性的，常用的质粒都是近缘或相同宿主来的。这样的质粒是已经被来源宿主甲基化修饰过的，因此进入近缘宿主 就不会被降解了。
如果是很远关系的质粒，当然会被降解了。
至于体外合成线性片段，因为很短，进入细胞或者被修或者被降解都有可能，自己看情况分析一下。若有内切酶位点就会被降解反之亦然。但内切酶合成也需要时间 也许足够重组和修饰了吧，这个只好祝你好运了！
这个问题要具体问题具体分析，首先选用的工程菌在使用质粒载体时一般选择亲和性高的穿梭载体，这样插入的外源基因在一定遗传代数之内都能保持稳定。若选择的载体亲缘行较远，在细菌复制时，DNA酶3可以介导一个减毒的删除作用，或者是对多余重复片段的删除作用，导致质粒被降解。
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