A、此果蝇体细胞处于有丝分裂后期时含有4个染色体组，A错误；
B、染色体组是一组非同源染色体，该细胞中Ⅱ1、Ⅲ1、Ⅳ2、X或Ⅱ2、Ⅲ2、Ⅳ1、Y均可表示果蝇的一个染色体组，B正确；
C、X和Y染色体虽然是一对同源染色体，但它们存在非同源区段，因此位于X染色体上基因不一定能Y染色体上找到相应的等位基因，C错误；
D、若此果蝇一个精原细胞减数分裂产生了一个DX的精子，则另外三个精子的基因型为DX，dY，dY，D错误．
故选：B．
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