楼主做连接载体和目的基因的比例是多少呢，如果目的基因浓度低可以适当调高比例。另外可以换其他感受态试下。之前我的课题里也有遇到类似的问题，当时用的载体是在金唯智合的，长度7kb左右。后面实验中用的质粒都是在这个基础上酶切重组的，楼主的质粒要是比较麻烦建议还是给公司做，省心。
