特殊染色是为了显示与确定组织或细胞中的正常结构或病理过程中出现的异常物质、病变及病原体等，需要分别选用相应的显示这些成分的染色方法进行染色。包括：胶原纤维染色（Masson等）网状纤维染色弹力纤维染色肌肉组织染色（磷钨酸苏木素）脂肪染色（苏丹III）糖原染色（PAS）粘液染色（PAS）等。
