第一次是康熙二十九年（1690年）的乌兰布通之战，清军大破噶尔丹以万余骆驼组成的防御营地（驼城），噶尔丹败归科布多，伺机而动。
第二次是康熙三十五年（1696年）的昭莫多之战，清军歼敌数千，击溃噶尔丹主力军队，噶尔丹兵败流窜。
最后一次是康熙三十六年（1697年），康熙帝带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿拉布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，就服毒自杀。
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