①非同源染色体之间相互交换片段属于染色体结构变异中的易位,①错误; ②同源染色体之间通过互换交换片段属于基因重组酶,②正确; ③染色体中DNA的一个碱基发生改变属于基因突变,③正确; ④染色体缺失或增加片段属于染色体结构变异,使得染色体上基因的数目发生改变,④错误; ⑤第2l号染色体增加了一条属于染色体数目变异,⑤正确; ⑥用花药培养出的单培体植株属于染色体数目变异,⑥正确.故选:C.