（1）不同个体表现型的差异体现了生物多样性层次中的遗传多样性；遗传多样性的实质是基因和基因型的多样性．
（2）分析演化图表可知，四个物种中②和③由同一物种形成不同物种的时间最晚，其亲缘关系最近．
（3）由于喜马拉雅地区地形和气候条件复杂，若种群分布区域扩大，则利于原种群形成地理隔离，失去交配机会，从而导致新物种的形成（产生生殖隔离）．
（4）⑥和⑦成为两个不同物种的标志是生殖隔离．可遗传变异为生物进化提供原材料，A正确；生物进化的基本单位不是个体，则是种群，B错误；⑥⑦生活的区域不同，所以利用的生物和非生物资源不同，C错误；自然选择的直接对象是表现型，D错误；自然选择决定生物进化的方向，E正确．
故答案为：
（1）遗传 基因和基因型/遗传物质/DNA的脱氧核苷酸序列
（2）②、③
（3）有利于在⑥⑦原种群之间形成地理隔离/使⑥⑦原种群之间彼此不能接触，失去交配机会
（4）生殖隔离 A、E
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