这个问题是在不同的情况下使用不同的做法的，如某大型系统，有多个帐套，对后台数据库来说，帐套对应的数据库名称不一样，数据库之间表名都是一样名称的，这种是正常的情况，对软件来说也很好处理，建立一个配置文件，当需要新增帐套时，只要配置数据库名称，就会生成帐套对应的表，程序代码查询和操作表的语句对所有数据库都是通用的，这样实现了软件代码的灵活性，新增帐套是不用更改程序代码的。如果把不同帐套的表放在同一个数据库，需要建立不同的表名，新增新增一个帐套，就要新增跟原先不一样的表名，程序源代码需要修改，应该没有软件开发者想这样做的。
如果你的公司有几个账套，肯定每个账套中的数据表的名字都是一样的，只是数据库名字不一样而已。这样的好处是，你想要增加多少账套都只要复制整个数据库，清空后再起个新的名字就好了。而且针对数据库的编程也不需要改动太大，只要设定不同的连接数据库参数就好了。
空间当然也是个问题，会影响到数据库的备份体积和运行速度。
再有从条理性上请也要分的啊，硬盘还要分区呢，冰箱还要层呢，是不是？
可能用途不同，比如 DB1 访问量很小，而DB2访问量很大，这样就可以很容易的将两个数据库部署在性能不同的服务器上面，这也是一种情况
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