这要结合疼痛的时间、引发的诱因、有无其他伴随症状和检查结果来综合判断。可能的原因有：1、慢性咽炎，舌根属于口咽范围，舌根有很多淋巴组织，发炎时可以疼痛。2、异物损伤，如鱼刺等。3、良性肿瘤，如甲舌囊肿或鳃裂囊肿等，继发感染可以引起局部的疼痛。4、恶性肿瘤，口咽癌（舌根癌）可以引起持续疼痛。
