A、染色体中DNA的一个碱基对缺失属于基因突变，A错误；B、染色体变异、可以用光学显微镜直接观察，而基因突变不可以，B错误；C、同源染色体上非姐妹染色单体之间互换了某一片段属于基因重组，非同源染色体上非姐妹染色单体之间互换了某一片段属于染色体变异，C正确；D、秋水仙素诱导多倍体形成的原因是抑制细胞有丝分裂前期的纺锤体的形成，D正确．故选：CD．
