C
stay at是指呆在某个特定的地方，后面指了呆在他的房间里，当然是特定的地点。
按照句子结构来讲是A C都可以，
但stay in 与 stay at是有区别的，如下：
stay in是指呆在随意某个地方
比如
Stay in the house 呆在房子里
Stay at home 呆在家里
房子可以是任意一个,但家只有一个。
此外我觉得in at还有大小地点之分，in 一般指大地点，而at指小地点。
a好一些，更符合语言习惯~
stay in one's room
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