A、质点采用的科学方法为建立理想化的物理模型的方法，故A错误；
B、为研究某一时刻或某一位置时的速度，我们采用了取时间非常小，即让时间趋向无穷小时的平均速度作为瞬时速度，即采用了极限思维法，故B正确；
C、在用打点计时器研究自由落体运动时，必须使空气阻力尽量减小，才能把重物在空气中的落体运动近似看做自由落体运动，这是控制实验条件，但不是控制变量法，故C错误；
D、在探究匀变速运动的位移公式时，采用了微元法将变速运动无限微分后变成了一段段的匀速运动，即采用了微元法；故D正确；
故选：BD．
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