在研究中，科赫提出了鉴定传染病病原菌的基本原则，被称为“科赫法则”：
1、能够从患病生物体内分离出致病菌；
2、该致病菌能够在体外实现纯培养；
3、将纯培养的致病菌感染健康个体，能够使健康个体患同种疾病；
4、在新患者体内也能分离出原来的致病菌。
科赫是按照这一套法则来指导自己的研究工作的，而“科赫法则”也成为后来被普遍接受的传染病学基本准则，指导了无数科学家发现了一种又一种致病微生物。
意义
科赫创立的科赫原则一经问世后，通常被用来鉴定新病害。很多植物病原菌导致的疾病，都可以用科赫原则来鉴定。对相关学者来说，只用掌握科赫原则四项原则便可方便的进行病原诊断。但针对于病毒、菌原体、白粉菌等细菌，还无法用科赫原则进行判断。
所以从某些方面上来说，科赫原则只适用于植物引发的病原上，如果出现寄生物引发的病菌上， 科赫原则还有些不太适用。但从细菌学和医学领域来讲，科赫原则的提出，具有里程碑式的意义，它为后来学者研究细菌学提供了理论性基础。
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