A、图中1和2、3和4、5和6、7和8属于同源染色体，所以染色体1、3、5、7组成果蝇的一个染色体组，A错误；
B、染色体3和6属于非同源染色体，它们之间的交换属于染色体结构变异中的易位，B错误；
C、控制果蝇红眼或白眼的基因位于X染色体上，而2号是Y染色体，C错误；
D、由于1、2号染色体的基因不完全相同，所以要测定果蝇的一个基因组应测定1、2、3、6、7号共五条染色体的DNA分子的碱基对的排列顺序，D正确．
故选：D．
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