仔猪副伤寒应与猪瘟、猪痢疾相区别，要点如下：
（1）猪瘟：急性猪瘟与急性猪副伤寒，慢性猪瘟与慢性猪副伤寒，在临床上有些相似，容易混淆，但猪瘟的皮肤有小出血点，高度沉郁，不食，各种药物治疗无效，病死率极高，不同年龄的猪都可发生，传播迅速，剖检时肝脾不肿大，无坏死灶，但脾有出血性梗死，回盲肠附近有溃疡。
（2）猪痢疾：猪痢疾有轻重不等的腹泻，与慢性猪副伤寒相似，但猪痢疾呈地方性流行性发生。持续下痢，粪便经常带血和黏液，呈棕色、红色或黑色。剖检时见大肠黏膜表层有弥漫性坏死、出血或有黏液，不发生像猪副伤寒那样的深层坏死。
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