A、EcoRI限制酶只能专一识别GAATTC序列，A错误；B、基因工程的前两个步骤是目的基因的获取和基因表达载体的构建，这两个步骤中需要用到同种限制酶来切割含有目的基因的外源DNA分子和运载体，B正确；C、EcoRI限制酶来源于大肠杆菌，C正确；D、限制酶就是限制性核酸内切酶，在基因工程中作为基因的剪刀，能将特定脱氧核苷酸之间的磷酸二酯键切断，D正确．故选：A．
