A、应为-2x3-3xy3+xy=-x（2x2+3y3-y），错误；B、-y2-x2不符合平方差公式的特征，不能进行因式分解，错误；C、16x2+4y2-16xy=4（2x-y）2，正确；D、应为x2y+2xy+4y=y（x2+2x+4），错误．故选C．
