A、根瘤菌是共生固氮微生物，只有在与相应豆科植物共生时，才具有固氮能力，A错误；B、根瘤菌进行生物固氮为植物提供营养，而植物为根瘤菌提供有机物，则根瘤菌与豆科植物互利共生，B正确；C、由于根瘤菌是原核生物，无线粒体，其生命活动所需能量是由在细胞质和细胞膜上进行的有氧呼吸提供的，C错误；D、根瘤菌是单细胞的细菌，属于原核细胞，D错误．故选：B．
